La Red Natura 2000 tiene por misión contribuir al mantenimiento o restablecimiento en un estado de conservación favorable de los hábitats y las especies más importantes a nivel comunitario, para lo que es necesario llevar a cabo un seguimiento y evaluación de dicho estado de conservación.
El artículo 11 de la Directiva Hábitats establece para los Estados la obligación de mantener una vigilancia del estado de conservación de las especies y de los hábitats de interés comunitario.
El artículo 17 estipula así mismo que los Estados miembros deben elaborar cada 6 años un informe sobre la aplicación de las disposiciones que hayan adoptado en el marco de la Directiva. Dicho informe debe incluir información sobre las medidas de conservación a que se refiere el apartado 1 del artículo 6, así como la evaluación de las repercusiones de dichas medidas en el estado de conservación de los tipos de hábitat del Anexo I y de las especies del Anexo II y los principales resultados de la vigilancia a que se refiere el artículo 11.
Respecto a la Directiva Aves, el artículo 12 establece que los Estados miembros deberán remitir a la Comisión cada tres años un informe sobre la aplicación de las disposiciones nacionales adoptadas en virtud de dicha Directiva.
De igual modo, la Comisión Europea debe elaborar un informe de síntesis basándose en los informes de los Estados miembros, que incluya una evaluación adecuada de los progresos realizados y, en particular, de la contribución de Natura 2000 al mantenimiento o el restablecimiento, en un estado de conservación favorable, de los tipos de hábitats naturales y de los hábitats de las especies en su área de distribución natural. La Comisión, en colaboración con un grupo de expertos de varios Estados miembros está elaborando en la actualidad la metodología que permita evaluar dicha contribución de la red.
La Ley 42/2007 del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, en su artículo 47, establece que las Comunidades Autónomas vigilarán el estado de conservación de los tipos de hábitats y las especies de interés comunitario, así como de las especies de aves que se enumeran en su anexo IV, comunicando al Ministerio de Medio Ambiente los cambios que se hayan producido en los mismos a efectos de su reflejo en el Inventario Español del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad. Dicha comunicación se producirá anualmente.
Las Comunidades Autónomas remitirán al Ministerio de Medio Ambiente información sobre las medidas de conservación emprendidas, la evaluación de sus resultados y las propuestas de nuevas medidas a aplicar, al objeto de que el Ministerio pueda remitir a la Comisión Europea, cada tres y seis años respectivamente, los informes nacionales exigidos por las Directivas comunitarias de Aves y Hábitats.
Por su parte el Plan Estratégico del patrimonio natural y la biodiversidad 2011-2017 recoge, dentro del apartado de Seguimiento y evaluación, que se establecerán mecanismos de seguimiento continuo y evaluación de la eficacia de las acciones dirigidas a conservar y usar de modo sostenible la biodiversidad. La evaluación deberá basarse preferentemente en indicadores cuantitativos y cualitativos que permitan valorar la eficacia de las acciones en el logro de los objetivos establecidos. El seguimiento y evaluación debe integrarse en los procesos de planificación desde su inicio. Respecto a la Red Natura 2000, se han establecido los siguientes indicadores específicos: