La superficie terrestre de España se distribuye por las regiones biogeográficas Atlántica, Alpina, Macaronésica y Mediterránea. Las aguas marinas de soberanía o jurisdicción española se extienden, a su vez, por las regiones marinas Atlántica, Macaronesia y Mediterránea.
Un total de 118 tipos de hábitat del Anexo I y 263 especies del Anexo II de la Directiva Hábitats y 125 especies del Anexo I de la Directiva Aves están presentes en el conjunto del territorio terrestre y las aguas marinas de España. La conservación de esos tipos de hábitat y esas especies conlleva la obligación de designar espacios de la Red Natura 2000.
La Red está formada actualmente en España por 1.468 Lugares de Importancia Comunitaria (LIC), incluidos en las Listas de LIC aprobadas por la Comisión Europea, y por 662 Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA), que comprenden en conjunto una superficie total de entorno más de 222.000 km2. De esa extensión total, más de 138.000 km2 corresponden a superficie terrestre, lo que representa aproximadamente un 27,35 % del territorio español, y unos 84.300 km2, a superficie marina.
La Red, sin embargo, no está completa aún en España. De acuerdo con las conclusiones sobre el grado de representación en los LIC españoles de los tipos de hábitat y las especies de interés comunitario, formuladas por el Centro Temático Europeo sobre Diversidad Biológica en noviembre de 2011, 11 tipos de hábitat del Anexo I de la Directiva Hábitats y 11 especies del Anexo II de la Directiva están todavía insuficientemente representados en Natura 2000. Estas insuficiencias deben ser subsanadas incorporando a la Red lugares adicionales con presencia de esos tipos de hábitat y esas especies de interés comunitario, que garanticen su conservación en un estado favorable.
De acuerdo con lo establecido por la Ley 42/2007, de 13 de diciembre, del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, corresponde al Ministerio la propuesta de LIC y la declaración de Zonas Especiales de Conservación (ZEC) y de ZEPA en España cuando se trate de espacios situados en áreas marinas bajo soberanía o jurisdicción nacional, siempre que no exista continuidad ecológica del ecosistema marino con el espacio natural terrestre objeto de protección. En cualquier otro supuesto, la propuesta y declaración de esos espacios corresponde a las Comunidades Autónomas.
El mismo régimen de distribución de competencias rige para la gestión de los LIC, las ZEC y las ZEPA en España.
Se han elaborado hasta el momento tres informes sexenales sobre la aplicación de la Directiva Hábitats en España, en cumplimiento de lo establecido por el artículo 17 de la Directiva. Corresponden a los períodos 1994-2000, 2001-2006, 2007-2012 y 2013-2018.
El Plan Estratégico del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad 2011-2017 plantea varios objetivos en relación con la Red Natura 2000 en España, entre los que se incluyen principalmente los siguientes: