La Red Natura 2000 no dispone de un instrumento propio de financiación, habiéndose desestimado en numerosas ocasiones su creación. El enfoque para financiar las necesidades de la Red consiste en utilizar los fondos de la UE, principalmente los asociados a la fondos agrarios y fondos estructurales. En este modelo, denominado de integración, no se destinan fondos específicos a Natura 2000 en los distintos programas de financiación sectorial, sin embargo se incluyen oportunidades de financiar Natura 2000 en varios los fondos de la UE, especialmente en aquellos con dotaciones presupuestarias más relevantes como la PAC o el FEDER.
De acuerdo con el artículo 8 de la Directiva Hábitat, la Comisión adoptará un Marco de Acción Prioritaria (MAP) de las medidas que deban adoptarse y que supongan cofinanciación para los lugares designados para formar parte de la red Natura 2000, teniendo en cuenta las fuentes de financiación disponibles con arreglo a los pertinentes instrumentos comunitarios. Para el periodo de financiación 2007-2013 se demostró que este modelo de financiación no cubrió en absoluto todas las necesidades de Natura 2000. Para ello, la Comisión instó a los países a elaborar sus marcos de acción prioritaria nacionales o regionales para el periodo de financiación 2014-2020, proponiendo un formato y unos contenidos concretos. Por entonces, el desarrollo de los instrumentos de gestión de los espacios Natura 2000 en España era muy bajo, con lo que solo se pudo contar con un número limitado de planes de gestión aprobados. El resultado fue la identificación de 100 prioridades estratégicas y 870 medidas de conservación, finalmente agrupados en 193 medidas. El documento definitivo para el periodo 2014-2020 se puede encontrar aquí.
Con el objetivo de mejorar la implementación y desarrollo de las Directivas de Naturaleza la Comisión Europea elaboró el “Plan de Acción para las personas, la naturaleza y la economía”. Este plan define 4 áreas de acción prioritaria, entre las que se encuentra el “aumentar las inversiones en Natura 2000 y mejorar las sinergias con los instrumentos de financiación de la UE”. Para este nuevo periodo de programación se diseñó un nuevo formato, cuyo aspecto más relevante es el enfoque regionalizado. Además, se ha previsto la incorporación de medidas tanto dentro de los espacios de la Red Natura 2000 así como fuera de éstos (infraestructuras verdes que contribuyan a la coherencia ecológica de la Red). En enero de 2019 el MAP de España fue enviado a la Comisión Europea. Se compone de un documento general y 20 anexos, uno para la Administración General del Estado y otro por cada Comunidad o Ciudad Autónoma. En marzo de 2020 se entregó la versión definitiva, tras un proceso de participación pública y mejoras derivadas de los comentarios de la Comisión.
En este periodo de programación, el coste estimado para el mantenimiento del conjunto de la Red Natura 2000 en el conjunto de España es de 1.408 millones de euros al año, de los que alrededor de 1.385 corresponden a la parte terrestre y unos 23 millones de euros al año a la parte marina de la Red. El 23,6% de la cuantía estimada se prevé para medidas horizontales y costes administrativos, un 48,6% se destinaría a medidas necesarias en lugares Natura 2000, un 21,3% para medidas de infraestructura verde y, finalmente, un el 6,5% a medidas específicas de especies no relacionadas con ecosistemas específicos.