La Reserva Natural Fluvial Cabecera del Anyet es de régimen permanente y, en todo su recorrido discurre por un paisaje forestal dominado por encinares de montaña en terreno silíceo y alcornocales en el resto. Las maquias de encina ocupan buena parte del margen izquierdo de la reserva aguas arriba del Gorg Negre, en las vertientes más rocosas donde no se pueden desarrollar bien los encinares. Asimismo, los brezales dominados por brezo blanco (Erica arborea) se localizan en la zona más meridional de la reserva, en las laderas también rocosas donde no se pueden desarrollar ni encinares ni alcornocales.
Las alisedas constituyen la vegetación estrictamente de ribera de este tramo del Anyet, donde forman una franja casi continua a lo largo de la reserva, solo interrumpida por los cauces rocosos. En las alisedas situadas en el tramo más alto de la reserva se entremezclan grupos de otros árboles de ribera como el fresno (Fraxinus excelsior). Por otra parte, también son frecuentes pequeños claros de avellanos (Corylus avellana), olmos (Ulmus minor) y mimbre (Salix atrocinerea) que forman parte de estas alisedas.
En la reserva no se detectan impactos ni presiones significativos, a excepción de una cierta frecuentación o pisoteo por el paso de ganado vacuno en las zonas de ribera debido a la presencia de agua y recursos alimentarios para los rebaños de vaca de L’Albera. Estos rebaños, que se mantienen con un doble objetivo, de preservación de raza autóctona y de prevención de incendios, son poco numerosos y su impacto es muy limitado, no considerándose significativo.
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