Europa alberga una diversidad natural única, con zonas de alta biodiversidad reconocidas a nivel mundial, como el Mediterráneo. Sin embargo, la pérdida de diversidad biológica se ha acelerado a niveles sin precedentes, como ocurre también en otras partes del mundo. Se ha estimado que un 42% de los mamíferos europeos, un 15% de las aves y el 45% de las mariposas y los reptiles se encuentra en riesgo de extinción
El Escenario de Referencia de la Biodiversidad Europea 2010 publicado por la Agencia Europea de Medio Ambiente en junio de 2010 indica que la biodiversidad de la Unión Europea está sometida a fuertes presiones y a grandes riesgos. Por ello la Comisión Europea adoptó en 2011 la Estrategia de biodiversidad de la UE para 2020, dirigida a proteger la biodiversidad de Europa y mejorar su situación en la próxima década. Atiende también a la pérdida de biodiversidad a escala mundial, garantizando la contribución de la Unión Europea a la lucha contra dicha pérdida en todo el mundo.
La UE está altamente comprometida con la protección de la biodiversidad. Prueba de ello es que en los últimos 25 años, se ha diseñado una amplia red de 26.000 áreas protegidas en todos los Estados Miembros. Dicha red, conocida como Red Natura 2000, es la mayor red de áreas protegidas del mundo, y un testimonio de la importancia que los ciudadanos de la UE dan a la biodiversidad.
La Unión Europea cuenta con un Sistema de Información sobre Biodiversidad (BISE) que ofrece datos y análisis sobre la diversidad biológica y los servicios de los ecosistemas, orientado a fortalecer la base de conocimiento en apoyo a la toma de decisiones. Dispone también de un Sistema de Indicadores (SEBI) para evaluar e informar acerca de los avances en las metas fijadas en relación con la conservación de la biodiversidad.