El OAPN dispone de dos vías para la ejecución de su Programa de Cooperación Internacional: por un lado, la Cooperación Bilateral, que se implementa a través de Subvenciones en Especie, y por otro, la Cooperación Multilateral, que se lleva a cabo a través de Contribuciones Voluntarias a Organismos Internacionales: UNESCO, FAO, CCAD (Comisión Centroamericana de Ambiente y Desarrollo), CAN (Comunidad Andina), SEGIB (Secretaría General Iberoamericana) y UICN.
Las contribuciones voluntarias consisten en una asignación de fondos por parte del OAPN a un Organismo Internacional para la ejecución de un proyecto . Una vez aprobada dicha asignación de fondos por el Consejo de Ministros, se firma una Carta de Acuerdo en la que se fijan los objetivos de la CV, se describen las actividades a realizar, se establece una comisión de seguimiento y sus funciones, se fija el plazo de ejecución y se definen las obligaciones de las partes.
Un Memorando de Entendimiento o Memorando de Acuerdo, MOU por sus siglas en inglés de (Memorandum of Understanding) es un acuerdo de actividades de interés conjunto entre dos países que tiene como objetivo establecer un marco de acción para la colaboración mutua. Estos acuerdos son firmados por las administraciones de Áreas Protegidas de ambos países. Los MOU pueden contener compromisos políticos, pero nunca obligaciones jurídicas. Se firman con cargo a los presupuestos ordinarios anuales de cada entidad signataria y deben respetar la legislación nacional respectiva de cada uno de los firmantes.
El miércoles 16 de noviembre de 2016, durante la Convención de las Naciones Unidas sobre el Cambio Climático de Marrakech (COP22), se firmó el Memorándum de entendimiento entre el Alto Comisariado de Aguas y Bosques y la Lucha contra la Desertificación (Reino de Marruecos), el Ministerio de Agricultura, Pesca, Alimentación y Medio Ambiente (Reino de España) y la Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio de la Junta de Andalucía (Reino de España), para la coordinación de la gestión de la Reserva de la Biosfera Intercontinental del Mediterráneo.
Los hermanamientos son acuerdos entre dos espacios protegidos que tienen como objetivo fundamental crear un marco de acción para la colaboración mutua entre los órganos directivos y gestores de los mismos. Dentro del marco de los hermanamientos se organizan cursos, intercambios de técnicos, programas conjuntos de conservación de la biodiversidad sobre temas de interés mutuo y actuaciones de capacitación mutua.
En junio de 2017 se firmó en Sierra Nevada (España) el hermanamiento de este espacio protegido con Huascarán (Perú) y Sierra Nevada Santa Marta (Colombia). Estos tres parques nacionales coinciden o están incluidos en las respectivas Reservas de la Biosfera de la UNESCO. Los gobiernos de los tres países implicados, junto a la Comunidad Autónoma Andaluza, firmaron este hermanamiento con el propósito de aunar esfuerzos de cooperación para contribuir a la conservación de la biodiversidad y al uso sostenible de los recursos naturales.