Entre los invertebrados que viven en los pinares quizá el más celebrado y reconocido, a pesar de que es realmente difícil de ver, es la mariposa isabelina o Graellsia isabelae, un bello lepidóptero nocturno cuya oruga se alimenta de las acículas de los pinos.
Otro grupo de invertebrados muy destacable es el de las hormigas rojas. Sus hormigueros son muy llamativos, ya que componen montículos formados por la acumulación de acículas de pino y que alcanzan hasta medio metro de altura. Cada hormiguero está formado por decenas e incluso centenas de miles de individuos. La hormiga roja (Formica rufa) prefiere los pinares más cerrados, compuestos por árboles gruesos, aunque en las zonas más altas sitúa los hormigueros en las lindes del pinar, seguramente para facilitar que el sol caliente el hormiguero.
Los pinares acogen a un notable conjunto de aves forestales. Entre las más comunes hay que citar al carbonero garrapinos (Periparus ater), el pinzón vulgar (Fringilla coelebs), los reyezuelos sencillo y listado, agateador común y el trepador azul. Estos pueden encontrarse tanto en la época estival como en el invierno, periodo en el que se reúnen en bandos mixtos que recorren el bosque en busca de alimento.
Las aves son más escasas en el pinar en la época invernal, aunque existen excepciones. Es el caso del piquituerto (Loxia curvirostra), que utiliza su característico pico en forma de tenaza para abrir las piñas y consumir los piñones. Los piñones del pino albar maduran en el otoño; a lo largo del invierno y hasta mediados de primavera las piñas se van abriendo, diseminando sus frutos alados. Por tanto, es precisamente la época invernal el momento en que este alimento es más abundante; por este motivo los piquituertos son abundantes en el invierno y, además, inician el periodo de cría antes de la llegada de la primavera.
Otras de las aves que aprovecha la cosecha invernal de piñones es el pico picapinos (Dendrocopos major), que acostumbra a coger las piñas enteras y fijarlas en la corteza de algún árbol para picotearlas con más facilidad. Con la llegada del buen tiempo el pico pasa a consumir pequeños invertebrados.
En el pinar nidifican tres especies emblemáticas de la avifauna ibérica: el águila imperial (Aquila adalberti), la cigüeña negra (Ciconia nigra) y el buitre negro (Aegypius monachus). El buitre negro, en concreto, cuenta con buenas colonias de cría en los valles de Lozoya y Valsaín.
En cuanto a los mamíferos, en el pinar encontraremos la mayoría de los ya citados como visitantes de las zonas altas: corzo y jabalí, garduña y gato montés. Pero a estos se suman otros como la ardilla roja o el murciélago de bosque (Barbastella barbastellus).