En el año 2003 el Organismo Autónomo Parques Nacionales decide implantar un Sistema de Gestión Ambiental en todos los Parques Nacionales, acogido a la norma UNE- EN ISO 14.001. A finales de este año se realizan los trabajos de la diagnosis inicial de cada Parque Nacional.
Durante los años 2004 y 2005 el Parque Nacional de Aigüestortes i Estany de Sant Maurici redacta e implanta todos los documentos del Sistema de Gestión Ambiental y desde el Departament de Medi Ambient i Habitatge de la Generalitat de Catalunya se da un nuevo impulso decidiendo su verificación ambiental de acuerdo al Reglamento (CE) nº 761/2001 EMAS.
En noviembre de 2006 ha sido inscrito en el Registro de Organizaciones Adheridas al Sistema Comunitario de Gestión y Auditoria Medioambiental, según los requisitos del Reglamento (CE) Nº 761/2001 (EMAS) así como la certificación del Sistema de Gestión Ambiental implantado según la Norma UNE-EN ISO 14001:2004
En estos años de implantación se ha procurado que todo el personal que trabaja en el Parque esté implicado en el mantenimiento del Sistema de Gestión Ambiental y ha demostrado ser una buena herramienta para mejorar el comportamiento ambiental tanto de las infraestructuras del Parque como de los trabajadores. Asimismo intentamos cada vez más implicar en este sistema de gestión la gestión del día a día del Parque Nacional, extendiéndolo a temas tan importantes como el impacto del uso público sobre el Parque, la gestión de los refugios, etc. A través de esta sección se pretende facilitar el acceso a la información de carácter ambiental, y más concretamente a la documentación que integra el Sistema de Gestión Ambiental implantado en el Parque Nacional de Aigüestortes i Estany de Sant Maurici.