El arroyo de los Huecos, es un ejemplo representativo de ríos de montaña mediterránea calcárea. El régimen hidrológico es pluvio-nival de caudal temporal o estacionario.
En su curso alto es un arroyo, seco la mayor parte del año, que discurre por una paramera modelada sobre margas y calizas; aguas abajo, se encaja en un cañón muy estrecho e inaccesible. En el lecho predominan los sedimentos de textura gruesa en forma de cantos y gravas que se alternan con limos y arcillas y tramos sin sedimentos.
La vegetación riparia está prácticamente ausente en el tramo de cabecera salvo algunos pies aislados de Salix alba, en un entorno dominado por la sabina rastrera (Juniperus sabina). Aguas abajo aparece de manera salpicada una mimbrera calcófila submediterránea rodeada por un extenso pinar de silvestre (Pinus sylvestris).
El sistema fluvial carece de presiones o amenazas que alteren su estado natural, manteniendo un excelente estado de conservación.
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