La adhesión de España a CITES se efectuó mediante Instrumento de 16 de mayo de 1986 (BOE de 30 de julio de 1986 y 10 de agosto de 1991).
La UE crea el Reglamento (CE) nº 338/1997 del Consejo, de 9 de diciembre de 1996, relativo a la protección de especies de la fauna y flora silvestres mediante el control de su comercio, con el fin de aplicar el texto de la Convención teniendo en cuenta los conocimientos adquiridos desde su adopción, la actual estructura de los intercambios y la supresión del control en fronteras internas consecuencia del mercado único. Este reglamento indica que cada Estado miembro designará una Autoridad Administrativa principal, con el carácter de órgano de gestión a los efectos establecidos en el artículo 13, apartado 1, letra a. y una Autoridad Científica conforme al artículo 13.1 letra b.
La normativa relativa a las medidas del Convenio se reflejan mediante el Real Decreto 1739/1997, de 20 de noviembre, sobre medidas de aplicación del Convenio sobre Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres (CITES), hecho en Washington el 3 de marzo de 1973 y del Reglamento (CE) 338/97, del consejo, de 9 de diciembre de 1996, relativo a la protección de especies de la fauna y flora silvestres mediante el control de su comercio.
Las funciones que corresponden a la Autoridad Administrativa CITES son desempeñadas por los Servicios Centrales ubicados en Madrid (Subdirección General de Inspección, Certificación y Asistencia Técnica del Comercio) y su red periférica formada por 33 Direcciones Territoriales y Provinciales de Comercio, en concreto a través de los Servicios de Inspección SOIVRE. Todos ellos dependen de la Dirección General de Comercio Internacional e Inversiones, integrada en la Secretaría de Estado de Comercio del Ministerio de Economía y Competitividad. .
Por otra parte, la Dirección General de Calidad y Evaluación Ambiental y Medio Natural, a través de la Subdirección General de Medio Natural, incluye entre sus competencias a la Autoridad Científica CITES en España.