El monte Cabeza de Hierro presenta como formación principal un pinar de origen natural de pino silvestre (Pinus sylvestris), que forma masa pura en la mayor parte de la superficie y alberga ejemplares de gran porte y longevidad. Asociado al pino aparece el rebollo (Quercus pyrenaica), especialmente en las zonas de menor altitud. Contiene, además, otras formaciones forestales protegidas como acebadas, abedulares y tejos centenarios. Esta riqueza natural le da un alto valor ecológico, cumple muy eficazmente numerosas funciones ambientales entre las que podemos destacar la regulación del ciclo hidrológico y la protección frente a la erosión, la generación de un paisaje de gran belleza y el mantenimiento de la biodiversidad.
El Monte Cabeza de Hierro, ubicado en la cabecera del valle de El Paular, se encuentra entre los 1.260 y los 2.000 metros sobre el nivel de mar, y está caracterizado por un clima de montaña. Podemos encontrar dos pisos bioclimáticos, ambos pertenecientes a la región mediterránea, casi la totalidad del terreno se corresponde con el piso supramediterráneo, salvo en sus cotas más altas, donde se ajusta más al piso oromediterráneo.
Este monte cuenta con más de 12 especies arbóreas, 6 de ellas incluidas en el catálogo de especies protegidas de la Comunidad de Madrid, incluyendo tejos, acebos, abedules, serbales y rarezas en la Sierra de Guadarrama como roble albar (Quercus petraea) y sabina albar (Juniperus thurifera). Es muy frecuente la presencia de retamas, piornos, cambroños, brezos, helechos, enebros y diversas especies del género Rosa en zonas desarboladas o de baja espesura. Entre sus características destacan su pedregosidad y sus roquedos, de interés por ser hábitat adecuado a diversas especies animales y vegetales; así como los cursos de agua, muy abundantes y patentes en el monte, tanto de carácter permanente como temporal.