Los cursos de agua que surcan este territorio son de carácter torrencial, salvando fuertes desniveles con pendientes muyacusadas, por lo que la elevada velocidad del agua y su turbulencia incide de manera especial en la presencia y comportamiento de los seres vivos que ocupan el medio acuático, siendo estos últimos de carácter inestable, soportando hacia abajo una presión de colonización por el arrastre. El caudal de los ríos y barrancos está condicionado por los deshielos que se producen en las cimas y montañas circundantes, zona también llamada de ablación, presentando un carácter totalmente pirenaico, dado que los máximos caudales de agua anuales coinciden plenamente con los meses de fusión de la nieve en las cabeceras, es decir, con el inicio de la primavera. Se trata de aguas müY batidas, ricas en oxígeno, con una acidez de un pH próximo a 7 y caracterizadas por un elevado contenido en iones bicarbonatados, según las muestras tomadas en el río Arazas en periodos de estiaje. En épocas de deshielo y de máximo caudal, cuando "los ríos bajan mayencos", la concentración salina es inferior.
Importante resulta la interacción de los cursos de agua con el terreno, de tal manera que la composición físico-química de las aguas está en relación íntima con el substrato rocoso y la procedencia de las mismas -filtraciones, deshielos, lluvias-o La elevada presencia proporcional de hongos, bacterias y demás potamoplacton procedente del arrastre también tiene que ver con su composición. La vida íctica -de peces- está presente en los principales cursos de agua, con la trucha común como representante principal y prácticamente único.
En todo el Parque Nacional únicamente hay tres lagos o ibones, los tres de origen glaciar: el pequeño Lago Helado, de escasa superficie, con unos 4.000 metros cuadrados, de forma circular y localizado a una altitud de 2.980 metros entre los picos de Cilindro y Monte Perdido; el de Marboré, también conocido como de Tucarroya, con unos 90.000 metros cuadrados de superficie y situado bajo la brecha de Tucarroya a 2.600 metros de altitud; y el del Soum de Ramond, situado en la cara sur de la montaña del mismo nombre, formado recientemente tras la fusión parcial de la parte inferior de un helero de grandes proporciones. Todos ellos permanecen cubiertos por una capa de hielo durante una buena parte del año -de 7 a 8 meses, siendo de tipo oligotrófico, con pocos nutrientes y carentes de vida íctica.
Por encima del circo de Carriata y bajo la Brecha de Rolando existen algunas depresiones, en cuyo fondo, en épocas de deshielo o lluvia, aparecen lagos y húmedos terrenos de turberas de gran interés limnológico y ecológico.
No se pueden olvidar los numerosos manantiales o surgencias, sumideros y cursos de agua subterráneos en terrenos kársticos, cada día mejor estudiados y conocidos desde el punto de vista espeleológico, pero poco conocidos desde el punto de vista limnológico.
Por otro lado, la alternancia hielo-deshielo produce formas erosivas periglaciares, como las pedreras o canchal es, los suelos poligonales, suelos estriado s y coladas de bloques.