El complejo lagunar está formado por dos zonas húmedas. Una de ellas es un lago de media montaña de origen glaciar formado por la acumulación de una morrena terminal de pizarra que cierra su salida. La segunda zona húmeda es mucho más somera y pequeña. Actualmente, sufre problemas por su rápido vaciado durante la época primaveral y/o estival, y se aprecian actuaciones intentando prevenir dicho fenómeno con unas lonas tendidas en la orilla NE, aunque tienen poco efecto.
El Lago de La Baña se caracteriza por tener un nivel muy cambiante, que afecta enormemente también a su superficie. La vegetación acuática dominante del lago de la Baña la componen rizófitos con tallos largos y hojas flotantes: Potamogeton natans y Callitriche brutia. Es un lago relativamente rico en invertebrados bentónicos.
Los valores naturales del espacio son excepcionales, tanto desde el punto de vista botánico y faunístico, sin olvidar el geomorfológico. El Lago de la Baña es el mayor lago en cuanto a superficie (no en volumen) de la provincia de León y de origen paraglaciar. El complejo lagunar es especialmente singular en la Península Ibérica, puesto que la gran mayoría de los lagos y lagunas de montaña son de origen glaciar. Este mismo factor lo convierte en más vulnerable, puesto que la estructura del depósito de cierre es menos favorable para su conservación a largo plazo.
Se encuentra actualmente amenazado por la existencia de canteras de pizarra de grandes dimensiones que se extienden hasta el mismo borde del Monumento Natural. Las voladuras provocadas por la explotación de las pizarras han podido influir en el descenso del nivel del agua de los lagos en los últimos años, si bien no hay estudios en profundidad sobre este aspecto.