Entre las funciones del Comité de Flora y Fauna Silvestres se encuentra elevar, a la Comisión Estatal para el Patrimonio Natural y la Biodiversidad, las estrategias de conservación de especies amenazadas y las estrategias de lucha contra las principales amenazas para la biodiversidad, elaboradas por los grupos de trabajo del Comité. Las estrategias están reguladas por el artículo 57 de la Ley 42/2007, de 13 de diciembre, del Patrimonio Natural y la Biodiversidad y por el artículo 11 del Real Decreto 139/2011, para el desarrollo del Listado de Especies Silvestres en Régimen de Protección Especial y del Catálogo Español de Especies Amenazadas. Este último determina que constituyen criterios orientadores para los planes de recuperación, que elaboran y aplican las comunidades autónomas.
Su contenido incluye: la identificación de la especie o amenaza tratada; el ámbito geográfico de aplicación; la descripción de los factores limitantes o de amenaza existentes; la evaluación de las actuaciones realizadas; un diagnóstico del estado de conservación (en el caso de especies); los fines a alcanzar, con objetivos cuantificables; los criterios para delimitar áreas críticas; los criterios para compatibilizar requerimientos de especies con usos y aprovechamientos del suelo; las acciones recomendadas para eliminar o mitigar las amenazas; y la periodicidad de actualización.
En el marco del desarrollo de las estrategias de conservación, se considera muy útil y necesario que expertos asesores independientes puedan informar al Ministerio de Agricultura y Pesca, Alimentación y Medio Ambiente sobre su grado de cumplimiento e implantación, sobre cuestiones para su mejora y modificación, así como para la integración y consideración de la mejor información técnica y científica disponible. De esta manera, se contribuye a aumentar la participación pública en la aplicación de las políticas de conservación de la biodiversidad, al integrarse como asesores los representantes de organizaciones sectoriales involucradas en la gestión del medio natural. Así, se han propuesto expertos y miembros de asociaciones conservacionistas, colegios profesionales, organizaciones agrarias, centros de investigación y universidades y consultores independientes.