En octubre de 1996 el Ministerio de Medio Ambiente presentó al Consejo Asesor de Medio Ambiente (C.A.M.A.) un documento de principios, que fue favorablemente informado. Seguidamente se formó un grupo de trabajo para la elaboración de un primer documento de trabajo (Borrador del PAND).
Siguiendo la metodología participativa implantada por el Ministerio de Medio Ambiente en el proceso de elaboración de los documentos estratégicos, una vez aprobado el borrador por el Ministerio de Medio Ambiente, y tras la presentación en junio de 2000 de las Directrices del PAND, se somete el documento a un proceso de consulta y debate en el que participan los distintos estamentos implicados, tanto de la Administración General del Estado como de las comunidades autónomas, así como representantes de los sectores implicados de la sociedad.
En noviembre de 2000 se celebra la Mesa Redonda de Representantes de la Administración, habiendo sido convocados a la misma organismos de la Administración General del Estado, de la Administración Autonómica y de la Administración Local, con competencia en las esferas de la lucha contra la desertificación. Participaron 80 representantes que analizaron el documento Borrador de Trabajo del PAND, quedando patente la complejidad de la problemática a abordar, teniendo en cuenta la cantidad de intereses encontrados que existen, sobre todo cuando se trata de cuestiones tan delicadas como los usos del suelo y actuaciones que pudieran implicar cambios de dichos usos.
En marzo de 2001 se celebra la segunda reunión en el marco del Proceso de Debate del Programa de Acción Nacional contra la Desertificación (PAND). A la Mesa Redonda de los Representantes de la Sociedad y Expertos en Desertificación se convocó, por un lado, a colectivos sociales representantes de la sociedad (Asociaciones Agrarias y Forestales, Asociaciones Cívicas y Empresariales, Asociaciones de Defensa de la Naturaleza, Colegios Profesionales y Empresas) y, por otro, a expertos en desertificación vinculados bien al sector investigador, bien a entidades docentes. Se obtuvo una alta participación en esta convocatoria prueba del gran interés que esta cuestión suscita en la sociedad española, contándose con la participación de 95 representantes.
El proceso continuó con el análisis e incorporación de aportaciones y sugerencias recogidas durante y después de la celebración de estas reuniones, y con el establecimiento de una colaboración con el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación para tratar aquellos aspectos vinculados al sector agrario paulatinamente incorporados al documento.
La integración en el Documento de Trabajo del PAND de sucesivas contribuciones al mismo por parte de distintos colectivos, no se ha interrumpido durante el periodo de tiempo transcurrido desde entonces. Asimismo, se ha afianzado la colaboración con el Ministerio de Agricultura, cuyos responsables han realizado varios procesos de revisión del documento, especialmente necesarios por la estrecha vinculación de las acciones de lucha contra la desertificación con la programación de la política agraria europea.
El Documento se remitió al Secretariado de la CNULD en octubre de 2004, quien informó favorablemente, calificando el PAND de "herramienta integrada y completa para luchar contra la desertificación en España".
En 2005 se presentó de nuevo a la consideración de las CC.AA. en la reunión de la Comisión Nacional de Protección de la Naturaleza de 29 de junio de 2005, solicitando su análisis por parte de los responsables del tema.
En 2006 se inició un nuevo proceso de revisión del PAND, entre otras razones por la necesidad de elaborar una revisión del diagnóstico de la desertificación que permitiera la determinación de la distribución e intensidad del problema de la desertificación en España con un mayor detalle. El proceso de revisión se realizó en el seno de un grupo de trabajo formado por expertos pertenecientes a organismos e instituciones de las distintas regiones de España. Se incorporan también al Programa nuevos contenidos, integrando las acciones puestas en marcha en el último periodo en los sectores vinculados con la desertificación.
Durante 2007 el Documento de Trabajo del PAND se ha sometido a consultas por parte de los órganos colegiados pertinentes: Comisión Nacional de Protección de la Naturaleza (29.05.07), Consejo Nacional de Bosques (15.06.07), Conferencia Sectorial de Medio Ambiente (6.09.07) y Consejo Asesor de Medio Ambiente (31.10.07) recogiéndose sus aportaciones y sugerencias al Programa.