Aunque los responsables directos de la gestión de la Red Natura 2000 son los Estados miembros, la Comisión Europea trabaja en estrecha colaboración tanto con ellos como con diferentes grupos de interés vinculados con el funcionamiento de la Red. Para ello se han creado los Comités Hábitats y Ornis que juegan un papel fundamental en la aplicación de las directivas de naturaleza y que se reúnen bianualmente.
La Comisión Europea ha desarrollado también documentos de orientación y directrices sobre diversos temas vinculados con la Red Natura 2000.
El Comité Hábitats asiste a la Comisión Europea en la aplicación de la Directiva de Hábitats y es responsable de emitir un dictamen sobre la lista borrador de proyectos LIFE-Naturaleza que se financian anualmente. El Comité Ornis, por su parte, asiste a la Comisión en la aplicación de la Directiva de Aves. Estos comités cuentan con representantes de todos los Estados miembros de la Unión Europea.
En el seno de cada comité se han constituido diferentes grupos de trabajo cuya finalidad es la de interpretar ciertos aspectos que se recogen en las Directivas Hábitat y Aves.
El Centro Temático Europeo sobre Diversidad Biológica es un consorcio internacional que trabaja con la Agencia Europea de Medio Ambiente en virtud de un acuerdo marco de asociación. Las principales tareas del centro son:
Con el fin de poner en marcha el Plan de Acción a favor de la Biodiversidad, la Comisión Europea creó en 2008 un nuevo grupo de coordinación para la biodiversidad y la naturaleza cuya finalidad es la de supervisar el programa de trabajo técnico colectivo relativo a naturaleza y biodiversidad en la UE. El Grupo está formado por representantes de los Estados miembros y otros grupos de interés y constituye un foro de de discusión en el que se abordan cuestiones relativas a la naturaleza y la biodiversidad y se preparan los asuntos a tratar en las reuniones de Directores Generales que se organizan bajo cada Presidencia de la UE sobre temas específicos.
El Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico es responsable de la interlocución con la Unión Europea en todos los asuntos relacionados con la Red Natura 2000. Por otra parte, posee las competencias en lo referente a la designación y la gestión de ciertas áreas marinas que formar patre de esta red. Ejerce además un papel de coordinación entre las Comunidades Autónomas en cuestiones relevantes para la designación, la conservación, la administración y la financiación de la Red Natura 2000.
El Comité de Espacios Naturales Protegidos es uno de los comités especializados adscritos a la Comisión Estatal para el Patrimonio Natural y la Biodiversidad. Es el órgano de coordinación y cooperación entre las CCAA y el MITECO en materias relacionadas con la conservación de los Espacios Naturales Protegidos en España.
Con el fin de elaborar las Directrices de conservación de la Red Natura 2000 en España, se creó en 2009 un grupo de trabajo específico en el seno del Comité, compuesto por técnicos de la mayor parte de las Comunidades Autónomas y del entonces Ministerio de Medio Ambiente
Las Comunidades autónomas cuentan con las competencias para la designación de las zonas de la Red Natura 2000 presentes en sus territorios y para su conservación y gestión. Las competencias en lo referente a la designación de estas zonas se ejercen desde la propuesta de los lugares a incluir en la Red hasta su declaración definitiva como Zonas de Especial Conservación y la definición y puesta en práctica de las medidas de conservación necesarias, en cumplimiento de las disposiciones de la Directiva Hábitats.