La organización competencial en la aplicación del comercio de derechos de emisión en España se establece fundamentalmente en la Ley 1/2005.
En lo que respecta a autorización, seguimiento y notificación de instalaciones: el titular de la instalación debe dirigir la solicitud de autorización de emisión al órgano competente de la comunidad autónoma en cuyo territorio se ubique la instalación. El artículo 22 de la Ley 1/2005 establece que el titular de la instalación debe remitir al órgano autonómico competente, antes del 28 de febrero, el informe verificado sobre las emisiones del año precedente. Este informe se basará en un plan de seguimiento de emisiones previamente aprobado por la comunidad autónoma.
Con respecto a la asignación gratuita de derechos de emisión, esta se adopta mediante acuerdo del Consejo de Ministros. Previamente se consulta a la Comisión de Coordinación de Políticas de Cambio Climático, donde están representadas las comunidades autónomas.
En materia de sanciones, corresponde a las comunidades autónomas (CCAA) el ejercicio de la potestad sancionadora, a excepción de la infracción relativa a la ocultación o alteración intencionada de la información exigida para la solicitud de asignación o incumplir la obligación de informar de cambios en la instalación que pudieran tener incidencia en la determinación del volumen de derechos asignados. La sanción correspondiente a estos supuestos será impuesta por el Consejo de Ministros.
La Ley 1/2005, en su artículo 2bis, establece que la Administración General del Estado y las CCAA cooperarán y colaborarán en materia de cambio climático y se suministrarán mutuamente la información que obre en su poder, en particular, en relación con las metodologías aplicables a los diferentes sectores, con mejoras tecnológicas y cualquier otra que sea relevante a efectos de la autorización de emisión de gases de efecto invernadero, la verificación de las emisiones, la asignación individualizada de derechos de emisión o en relación con el informe relativo a la aplicación de la Directiva 2003/87/CE, previsto en su artículo 21, incluyendo las medidas equivalentes adoptadas para las pequeñas instalaciones excluidas del comercio de derechos de emisión de la Unión Europea que se hayan referido en dicho informe.
Además, el Real Decreto 1089/2020, de 9 de diciembre, por el que se desarrollan aspectos relativos al ajuste de la asignación gratuita de derechos de emisión de gases de efecto invernadero en el periodo 2021-2030 establece, en su artículo 4, apartado 2, que la AGE y las CCAA cooperarán y colaborarán en materia de las obligaciones de información referidas en el real decreto y en la Ley 1/2005, y que se suministrarán, para el ejercicio de sus respectivas competencias, la información que obre en su poder según las orientaciones que se adopten en el seno de la Comisión de Coordinación de Políticas de Cambio Climático.