La Historia de Doñana comienza con los primeros pobladores del Golfo de Cádiz, con pruebas de presencia en Gibraltar hace unos 28.000 años, y que transitarían por toda la costa de este Golfo. Se trataba muy posiblemente de neandertales. La marisma de Hinjos, según prospecciones geológicas y paleontológicas, estuvo poblada en el 3000 a.c., pero hacia el año 2000 a.c., debido a un tsunami, el paisaje del estuario del Guadalquivir quedó totalmente transformado, y los poblamientos y formas de vida humana que albergaba desparecieron. La inestabilidad de sus terrenos duró casi mil años más, con al menos otros dos tsunamis. Hasta el final de la Edad del Bronce, años 1000 a.c., no se conocen nuevos poblamientos en la zona. Serán los escritos de exploradores y comerciantes fenicios los que muestren la existencia de las culturas encontradas en estas tierras. Algunos autores romanos, desde el s.VI a.c. al I d.c. citan una laguna costera, Lago Ligustinus, que cubriría todo lo que conocemos como el Parque Nacional de Doñana, y que iría colmatándose progresivamente, hasta los límites de la Marismas del Guadalquivir.
Entre los siglos II a.c. y V d. c. se establecieron asentamientos romanos dedicados fundamentalmente a la pesca y a la salazón, y que debían situarse en torno a lo que actualmente conocemos como Marismas del Guadalquivir. En el Cerro del Trigo quedan los restos excavados de uno de estas factorías.
Poco se sabe de los periodos de pueblos visigodos y árabes, aunque parece que los terrenos, en permanente cambio, no eran propicios para los asentamientos.
Tras la conquista de Sevilla en 1248 por los reinos cristianos, el rey Alfonso X el Sabio convierte Doñana en un cazadero real. Sin embargo, no es hasta el siglo XV cuando comienza el dominio señorial y con éste los primeros límites y acotamientos, y la prohibición de cualquier aprovechamiento que perjudicara a la caza.
El nombre de estas tierras se encuentra en documentos de la casa de Medina Sidonia, que describe como en 1523, el VI Duque de Medina Sidonia alquila Las dehesas del Carrizal y la Ahulaga a Sancho Herrera, alcaide de Sanlúcar de Barrameda y su mujer, Doña Ana Mallarte, que construyó un hato o vivienda, conocido como Hato de Doña Ana. Medio siglo después el VII duque de Medina-Sidonia construyó un palacio para su esposa, Doña Ana Gómez de Mendoza y Silva, aristócrata que durante muchos años fue considerada la que dio nombre a este territorio.
Las torres almenaras se construyeron durante el reinado de Felipe II, a finales del siglo XVI y principios del XVII, y servían de protección frente a los ataques de los piratas berberiscos.
Después de este primer período dedicado casi en exclusiva a los recursos cinegéticos, comienza una segunda época (hacia el siglo XVIII), en la que se consolidan tres usos: la explotación forestal del bosque, el mantenimiento de las dehesas y pastos para la ganadería, y el fomento del coto como cazadero, para lo que se acondiciona de nuevo el antiguo palacio
El interés científico y naturalista arranca en el siglo XIX, con la publicación del Catálogo de las aves observadas en algunas provincias de Andalucía, realizado por Don Antonio Machado y Núñez. Es también el comienzo de una intensa búsqueda de huevos y pieles por parte de naturalistas y cazadores, lo que llega a poner en grave peligro las poblaciones de algunas especies.
En el siglo XX Doñana pasa a manos de la burguesía gaditana, con la venta por parte de la Casa de Medina Sidonia a D. Guillermo Garvey, vinatero de Jerez. Los nuevos propietarios de Doñana introducen especies animales, plantan pinos piñoneros y organizan monterías de forma habitual. En 1912 la finca seré heredada por María de los Ángeles Medina y Garvey, casada con el Duque de Tarifa, ingeniero de montes, que continúa la labor de de acondicionamiento de la finca, y costean cuatro campañas arqueológicas en el Cerro del Trigo a los arqueólogos Adolf Schulten y Jorge Bonsor para la búsqueda de la mítica Tartessos. Pocos años después, en 1940, se constituye la Sociedad Cinegética del Coto del Palacio de Doñana.
La inmensa riqueza faunística de estas tierras atrae también a ornitólogos de todo el mundo, que proponen en 1952 la internacionalización de su propiedad.
Es el comienzo de una conciencia conservacionista dentro y fuera de nuestras fronteras, que culmina en 1963 con la adquisición de unas 7.000 ha por parte del Estado Español, en colaboración con el Fondo Mundial para la Conservación de la Naturaleza (WWF), para la creación de la Reserva Biológica de Doñana.
Seis años después se crea el Parque Nacional de Doñana, que será ampliado y reclasificado por la Ley de Régimen Jurídico en 1978 y que posteriormente ha ampliado sus límites en 2004. Desde entonces, diversas figuras de protección internacional confluyen en este territorio.