El Complejo lagunar de Lagunas Peridunares de Doñana se encuentra dentro del Parque Nacional de Doñana. Según ciertas fuentes, este complejo podría haber sido formado a partir de un antiguo brazo o afluente del Guadalquivir, ya que alberga a fauna acuática de esas latitudes en periodos secos.
Aunque este rosario de lagunas endorreicas se define como un complejo dunar litoral de tipo temporal (L-T30), hay una variedad tipológica mucho mayor. Si bien es cierto que la Laguna de Zahillo es, en efecto, L-T30 (Litoral, en complejo dunar, temporal), otras masas dentro del complejo lagunar se adscriben mejor a L-T29 (litoral, en complejo dunar, permanente) como la Laguna de Sopetón y la Laguna Dulce, o al L-T28 (lagunas litorales sin influencia marina) como la Laguna de Santa Olalla. Hay un total de 352 humedales en la masa.
La composición vegetal y florística de la laguna de Zahillo ha sido ampliamente estudiada por la Estación Biológica de Doñana. Algunos de los taxones citados son los hidrófitos Lemna minor, Ranunculus sp., Myriophyllum sp. y helófitos del género Juncus sp. Otro hidrófito citado en la bibliografía es Potamogeton trichoides.
Este complejo lagunar presenta bajas presiones e impactos, a pesar de contar con zonas dedicadas a la agricultura, ganadería, usos hidrológicos y urbanos.
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