El río Gargáligas y sus afluentes son representativos de los ríos de llanuras silíceas del Tajo y Guadiana. La reserva está integrada por cuatro cauces principales: río Gargáligas, arroyo de la Tejuela, fuente Escudero y arroyo de las Quebradas.
El régimen hidrológico es pluvial mediterráneo, presentando un curso temporal con marcado estiaje que conserva inalteradas sus características naturales.
El río discurre a través de un valle de inundación amplio con escasa inclinación, relleno de sedimentos aluviales. Se trata de amplios mantos de conglomerados cuarcíticos de carácter fluvial, también conocidos como rañas. La dinámica fluvial hace que la ribera en algunos puntos forme fuertes taludes verticales. El lecho del río está compuesto principalmente por gravas de tamaño variable, en el que se han formado profundas pozas que conservan agua durante el estío, lo que conforma un hábitat potencial de especies de interés para la caracterización de estado de las masas de agua.
La vegetación de ribera está representada principalmente por los taxones típicos del tamujar y en otras situaciones de la sauceda salvifolia hercínica.
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