El Arroyo del Puerto (tributario por la izquierda del río Tus) es representativo de los ríos mineralizados de baja montaña mediterránea. El régimen hidrológico es pluvial mediterráneo, permanente en el curso principal y temporal en alguno de sus afluentes.
En la mayor parte del recorrido, el curso del río atraviesa un profundo valle, excavado sobre materiales cretácicos, principalmente calizas y margas. El trazado en planta del cauce es prácticamente recto, algún tramo presenta cierta sinuosidad ligada al relieve. La sección del cauce es la típica de los cursos de cabecera, fuertes pendientes y cauces encajados.
La continuidad longitudinal de la vegetación es alta al igual que el grado de naturalidad, si bien se ha detectado la presencia de cañaverales de Arundo donax. La formación riparia representada es la mimbrera calcófila termófila. El cauce de dominio público hidráulico no presenta presiones antrópicas por lo que la alteración de sus procesos naturales es nula, manteniendo un excelente estado de conservación.
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