El río Escabas y sus afluentes son un ejemplo representativo de ríos de montaña mediterránea calcárea. La reserva fluvial queda integrada por tres cauces principales: arroyo de la Alconera, arroyo de la Toba y arroyo de las Truchas. El régimen hidrológico es pluvio-nival, de caudal permanente.
La cuenca vertiente de los cauces principales está modelada sobre margas, calizas y dolomías. Principalmente discurren por valles con una llanura de inundación estrecha y discontinua aunque en determinados tramos se encajona en profundos cañones, caso concreto del arroyo de la Toba. La estructura longitudinal es muy diversa con numerosas gradas, saltos y pozas.
Los tramos altos, afectados por la estacionalidad del caudal, presentan vegetación zonal de pinar de Pinus sylvestris. En el tramo medio y bajo de la reserva sí aparece la vegetación ribereña, representada por una mimbrera calcófila submediterránea con un alto grado de naturalidad. En esta zona, el sistema fluvial presenta algunas afecciones de origen antrópico que en conjunto y bajo su conveniente regulación, no suponen una merma significativa de sus valores naturales.
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