Las obligaciones concretas que adquieren los Estados con respecto a la conservación de las Zonas de Especial Protección para las Aves y las Zonas Especiales de Conservación vienen fijadas en el artículo 6 de la Directiva Hábitat y el artículo 4 de la Directiva Aves, que determinan la gestión de los lugares de la red Natura 2000 (732 KB) . Esas obligaciones son las siguientes:
"Los Estados miembros fijarán las medidas de conservación necesarias que implicarán, en su caso, adecuados planes de gestión, específicos a los lugares o integrados en otros planes de desarrollo, y las apropiadas medidas reglamentarias, administrativas o contractuales, que respondan a las exigencias ecológicas de los tipos de hábitats naturales del Anexo I y de las especies del Anexo II presentes en los lugares" (artículo 6.1 de la Directiva Hábitat).
"Las especies mencionadas en el Anexo I [de la Directiva] serán objeto de medidas de conservación especiales en cuanto a su hábitat, con el fin de asegurar su supervivencia y su reproducción en su área de distribución" (artículo 4.1 de la Directiva Aves). "Los Estados miembros tomarán medidas semejantes con respecto a las especies migratorias no contempladas en el Anexo I cuya llegada sea regular" (artículo 4.2 de la Directiva).
Los Estados miembros están obligados a instaurar un régimen general de protección activa para todas las ZEC, para alcanzar el objetivo general de la Directiva Hábitat: conservar la biodiversidad de la UE. Se trata de medidas de conservación aplicables a todos los tipos de hábitats naturales del anexo I y las especies del anexo II presentes en esos espacios de la red Natura 2000, y deben tener como finalidad mantenerlos o restaurarlos en un estado favorable, de acuerdo con sus requerimientos ecológicos y garantizando la coherencia de la Red.
Estas medidas pueden adoptar diversas formas jurídicas, todas ellas igualmente válidas siempre que garanticen la conservación de los valores naturales que han motivado la designación del lugar y la funcionalidad de la Red:
Para las ZEPA no es de aplicación automática lo dispuesto en el artículo 6.1 de la Directiva Hábitat, que atañe únicamente a las ZEC. Sin embargo, la Directiva Aves, por medio de su artículo 4, establece disposiciones similares que sí les son aplicables, y que, en definitiva, obligan también a los Estados de la UE a adoptar las medidas necesarias para conservar las especies de aves del anexo I de esta Directiva.
"Los Estados miembros adoptarán las medidas apropiadas para evitar (...) el deterioro de los hábitats naturales y de los hábitats de especies, así como las alteraciones que repercutan en las especies que hayan motivado la designación de las zonas, en la medida en que dichas alteraciones puedan tener un efecto apreciable en lo que respecta a los objetivos de la presente Directiva" (artículo 6.2 de la Directiva Hábitat).
Hay actividades genéricas o acciones concretas que pueden causar daños significativos en los valores naturales que han motivado la designación de un lugar de Natura 2000. Por eso, además de establecer un régimen general de conservación de los lugares de la Red, los Estados miembros de la UE, en aplicación del principio de precaución, deben adoptar específicamente, de manera anticipada, cuantas medidas preventivas sean necesarias para impedir la perturbación de los hábitats naturales y de las especies silvestres, tanto en las ZEPA como en las ZEC. También los Lugares propuestos de Importancia Comunitaria deben ser protegidos, impidiendo su deterioro, antes incluso de su posterior designación como ZEC, de acuerdo con la jurisprudencia del Tribunal de Justicia de las Comunidades Europeas.
Este régimen preventivo afecta a todo tipo de planes y proyectos, no sólo a los que requieren autorización administrativa; se aplica permanentemente, y no se limita a actos intencionados, sino que cubre también acontecimientos fortuitos.
"Cualquier plan o proyecto que, sin tener relación directa con la gestión del lugar [de Natura 2000] o sin ser necesario para la misma, pueda afectar de forma apreciable a los citados lugares, ya sea individualmente o en combinación con otros planes y proyectos, se someterá a una adecuada evaluación de sus repercusiones en el lugar, teniendo en cuenta los objetivos de conservación de dicho lugar. A la vista de las conclusiones de la evaluación (...), las autoridades nacionales competentes sólo se declararán de acuerdo con dicho plan o proyecto tras haberse asegurado de que no causará perjuicio a la integridad del lugar en cuestión y, si procede, tras haberlo sometido a información pública" (artículo 6.3).
De acuerdo con la Directiva Hábitat, Natura 2000 debe garantizar el mantenimiento de determinados hábitats naturales y de especies silvestres en un estado de conservación favorable, en sus áreas de distribución natural. Por lo tanto, todo proyecto ajeno a la gestión de un lugar de la red Natura 2000 que pueda tener un impacto negativo sobre ése u otros lugares de la Red debe ser sometido a una evaluación ambiental (669 KB) rigurosa para garantizar que no causará efectos perjudiciales a la integridad ecológica de esos lugares. Se entiende por integridad ecológica la capacidad que tienen los ecosistemas para perpetuar su funcionamiento en el tiempo siguiendo su camino natural de evolución y para poder recuperar su estructura, su composición y sus funciones tras una perturbación. En principio, sólo pueden ser autorizados aquellos proyectos que, de acuerdo con los resultados de ese análisis ambiental, no es previsible que ocasionen una pérdida de integridad ecológica en algún lugar de la Red.
"Si, a pesar de las conclusiones negativas de la evaluación de las repercusiones sobre el lugar y a falta de soluciones alternativas, debiera realizarse un plan o proyecto por razones imperiosas de interés público de primer orden, incluidas razones de índole social o económica, el Estado miembro tomará cuantas medidas compensatorias sean necesarias para garantizar que la coherencia global de Natura 2000 quede protegida. (...) En caso de que el lugar considerado albergue un tipo de hábitat natural o una especie prioritarios, únicamente se podrán alegar consideraciones relacionadas con la salud humana y la seguridad pública, o relativas a consecuencias positivas de primordial importancia para el medio ambiente, o bien, previa consulta a la Comisión [Europea], otras razones imperiosas de interés público de primer orden" (artículo 6.4).
Los Estados miembros de la UE pueden excepcionalmente autorizar un proyecto aun siendo reconocido que afectará de manera adversa a algún lugar de la red Natura 2000. Pero sólo podrá ser llevado a cabo si previamente se demuestra que no hay soluciones alternativas; si existen razones de interés público de primer orden que lo justifiquen, y tomando todas las medidas compensatorias que sean necesarias para que se cumplan los objetivos de conservación de la Red.
Las medidas compensatorias son independientes del proyecto y van más allá de las medidas habituales de gestión necesarias para la conservación de un lugar de Natura 2000. Tienen por objeto compensar específicamente los efectos negativos del proyecto en cuestión sobre la biodiversidad local, garantizando la contribución funcional de ese lugar a la conservación de uno o más hábitats naturales y de especies silvestres en su región biogeográfica, y manteniendo la coherencia global de la Red. En general, tienen que estar diseñadas para que el lugar afectado pueda seguir contribuyendo a la conservación, en un estado favorable, de los hábitats y las especies que soporten el impacto negativo del proyecto previsto, y deben ser ejecutadas antes de que el lugar de Natura 2000 sea afectado por el proyecto.