El 9 de diciembre de 2002 se constituye el Comité Científico Asesor del Gobierno con el objetivo de determinar si es posible recuperar el fuel que aún queda en los tanques del Prestige. Su informe es claro: hay soluciones técnicamente viables para abordar el problema. Se proponen dos soluciones alternativas. La primera, extraer el fuel mediante bolsas flexibles, que se llenan por gravedad a través de perforaciones realizadas en los tanques. Como solución alternativa, se propone confinar la parte de proa del pecio bajo una marquesina.
Tras el éxito de las primeras pruebas con bolsas flexibles se decide adoptar esta solución, pero reemplazando las bolsas por lanzaderas rígidas de aluminio, que se vacían por bombeo. Los restos de fuel que no puedan ser extraídos por este método serán tratados con procesos de biorremediación.
El 1 de diciembre comienza la campaña del submarino Nautile, para comprobar el estado del pecio.
Durante estas primeras inspecciones se constata que hay fugas significativas.
Durante el mes de julio de 2003 se realizaron los trabajos de inspección, limpieza, preparación y sellado de las fugas que tenía el pecio. Se trabajó en 11 fugas en popa y 4 en proa, utilizando diferentes métodos de sellado: tapones, estachas, sacos de arena, espuma, resinas y bolsas. Tras estas operaciones se cuantifica el caudal de las fugas en menos de 10 kilogramos por día. Tras las medidas realizadas, se comprobó que todavía quedaban más de 13.000 toneladas de fuel en los tanques del Prestige.
A lo largo del mes de octubre se realizó una prueba piloto de extracción de fuel desde el Prestige hacia una bolsa lanzadera flexible. Durante la prueba, la bolsa sufrió una rotura una vez a bordo del barco de recogida, permaneciendo el fuel vertido en el interior de la bodega del barco. Como resultado de estas pruebas se comprobó la viabilidad del sistema, pero se decidió sustituir las bolsas flexibles por lanzaderas rígidas de aluminio, de unos 350 metros cúbicos de capacidad.
En mayo de 2004 comenzaron las operaciones definitivas. Llegan a la zona del hundimiento los barcos que van a participar en las operaciones: el petrolero Odín, para almacenar el fuel recuperado, y el buque Polar Prince, para el despliegue y control de las operaciones submarinas.
En total se realizaron 51 ciclos completos de extracción con lanzaderas rígidas, mediante los cuales se pudieron extraer 13.600 toneladas de fuel.
Tras extraer todo el fuel posible mediante lanzaderas, en septiembre del 2004 se aplicó el proyecto de biorremediación para tratar los remanentes de fuel que aún quedaban en el interior de los tanques. La biorremediación consiste en acelerar la degradación natural de los hidrocarburos, añadiendo nutrientes que favorecen la proliferación de bacterias autóctonas capaces de degradar el fuel.
Los nutrientes se bajaron a 3.800 metros de profundidad mediante unos grandes cilindros metálicos, cada uno de ellos con capacidad para cargar una tonelada. A través de las válvulas instaladas sobre la cubierta del pecio se introdujeron en los distintos tanques hasta 60 toneladas de nutrientes.
El 4 de octubre se termina de bombear el fuel desde el petrolero Odín, que ha servido de almacén flotante para el petróleo que se ha ido recuperando del pecio, hacia un tanque del puerto de A Coruña.
El 26 de octubre de 2004 se dan por terminadas las operaciones, finalizando con éxito una tarea que ha supuesto un formidable reto tecnológico y de organización.