La Rivera de Huelva es un ejemplo representativo de los ríos de baja montaña mediterránea silícea. La reserva queda integrada por siete cauces principales: arroyo del Buenvino, barranco del Pueblo, arroyo del Guijarro, barranco de los Perrales, barranco del Madroño, barranco de Corterrangel y Fuente del Castaño. El régimen hidrológico es pluvial mediterráneo y el régimen de caudales temporal o estacional.
El río discurre por el fondo de un valle con llanura de inundación estrecha y discontinua, tiene un trazado generalmente sinuoso y atraviesa terrenos adehesados con pendientes y relieves generalmente suaves. El lecho es aluvial con abundancia de cantos. La estructura longitudinal varía entre los rápidos y pozas de los tramos más altos y el rápido continuo característico de los tramos bajos.
La vegetación es variable entre los diferentes tramos, cabe destacar el buen estado y estructura de la aliseda sudoccidental termófila existente en algunos tramos así como el alto grado de naturalidad del adelfar, formación riparia predominante.
El cauce de dominio público hidráulico no presenta presiones antrópicas significativas salvo algunos usos agropecuarios dentro de su cuenca concentrados especialmente en el tramo final de la reserva. En general se puede considerar que estas presiones no alteran significativamente los procesos naturales.
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