La Secretaría del Convenio está administrada por el Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA) y tiene su sede en Montreal (Canadá).
La conservación de la diversidad biológica fue definida como una prioridad en 1972, en la Conferencia de las Naciones Unidas sobre el Medio Humano, celebrada en Estocolmo. La primera reunión del consejo de administración del PNUMA determinó al año siguiente que la conservación de la naturaleza, de la vida silvestre y de los recursos genéticos constituía una cuestión prioritaria. Durante el resto del decenio se aprobaron muchos instrumentos jurídicos internacionales y regionales sobre aspectos específicos de la diversidad biológica, como los convenios de Ramsar, sobre zonas húmedas, de Wasington sobre comercio internacional de especies amenazadas, o de Bonn, sobre especies migratorias. En junio de 1987 el PNUMA convocó un grupo especial de expertos sobre diversidad biológica, encargado de armonizar los convenios en vigor relacionados con el tema, y en su primera reunión este grupo estableció la necesidad de un acuerdo internacional vinculante sobre el problema global de la diversidad biológica. En mayo de 1988 el PNUMA estableció otro grupo de expertos con el mandato de preparar un instrumento internacional jurídicamente vinculante para la conservación y la utilización sostenible de la diversidad biológica. En 1991 el grupo se convirtió en un Comité Intergubernamental de Negociación, que preparó el texto que se puso a la firma a partir del 5 de junio de 1992, durante la Cumbre de la Tierra celebrada en Río de Janeiro.
El convenio reconoce, por primera vez, que la conservación de la diversidad biológica es una preocupación común para la humanidad y forma parte del proceso de desarrollo. El convenio abarca todos los ecosistemas, especies y recursos genéticos, a los que define como todo material biológico de origen animal, vegetal o microbiano, de valor real o potencial, que contenga unidades funcionales de la herencia. Establece nexos entre las medidas tradicionales de conservación y la meta económica de utilizar de forma sostenible los recursos biológicos. Sienta principios para la distribución justa y equitativa de los beneficios resultantes de la utilización de recursos genéticos, en particular, cuando se destinan a usos comerciales. Y aborda, asimismo, el desarrollo y la transferencia de tecnologías, la distribución de beneficios y la seguridad de la biotecnología.