La gestión de Natura 2000 debe estar orientada al cumplimiento del objetivo de la Red, que es garantizar el mantenimiento o, en su caso, el restablecimiento, en un estado de conservación favorable, de los tipos de hábitat naturales y de las especies de la fauna y la flora silvestres de interés comunitario en la Unión Europea. La gestión de Natura 2000 debe tener en cuenta también el conjunto de los espacios que conforman la red para que ésta pueda mantener su coherencia.
El artículo 6 de la Directiva Hábitats es la base fundamental en lo referente a la gestión de los espacios de la Red Natura 2000 y establece un marco para la protección y la conservación de los tipos de hábitat y las especies que se encuentran en ellos.
De acuerdo con el artículo 6.1, en las Zonas Especiales de Conservación (ZEC) se deben realizar las mediadas de conservación necesarias para todos los tipos de hábitat del anexo I y las especies del anexo II presentes en esas zonas. Estas medidas pueden adoptar diversas formas, incluyendo planes de gestión, medidas reglamentarias, contractuales y administrativas.
Para las Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA), la Directiva Aves, en su artículo 4, establece disposiciones similares que obligan a los Estados de la UE a adoptar las medidas necesarias para conservar las especies de aves del anexo I de esta Directiva.
En el caso de las ZEC, el instrumento de gestión se debe aprobar antes o simultáneamente a su declaración mientras que para las ZEPA la normativa no prevé una situación similar. Sin embargo existe jurisprudencia respecto a las ZEPA según la cual:
Los estados deben garantizar que la designación de un lugar como ZEPA implique que se ponen en marcha un régimen de protección y conservación conforme al derecho comunitario (Sentencia de 27 de febrero de 2003, asunto C-415/01, Comisión de las Comunidades Europeas contra el Reino de Bélgica)
Los Estados miembros deben también evitar el deterioro de los hábitats y las especies que hayan motivado la designación de los lugares de la Red Natura 2000, tomando las medidas apropiadas para ello, de acuerdo con el artículo 6(2) de la Directiva Hábitats y el artículo 4(4) de la Directiva Aves. Este régimen preventivo afecta a todo tipo de actuaciones y no se limita a actos intencionados, sino que cubre también acontecimientos fortuitos.
Por su parte, la Ley 42/2007 del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad establece en sus artículos 42 y 45 que para las ZEC y las ZEPA las Comunidades Autónomas fijarán las medidas de conservación necesarias que respondan a las exigencias ecológicas de los tipos de hábitat naturales y de las especies presentes en tales áreas, pudiendo ser estas:
Igualmente las administraciones competentes tomarán las medidas apropiadas, en especial en dichos planes o instrumentos de gestión, para evitar en los espacios de la Red Natura 2000 el deterioro de los hábitats naturales y de los hábitats de las especies, así como las alteraciones que repercutan en las especies que hayan motivado la designación de estas áreas, en la medida en que dichas alteraciones puedan tener un efecto apreciable.
En 2011, el entonces Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino, con la colaboración de las Comunidades Autónomas, elaboró unas Directrices de conservación de la Red Natura 2000 en España, con el objetivo de ayudar a las Administraciones Públicas competentes en la planificación y gestión de los espacios de la red.
La Comisión Europea ha publicado así mismo diversos documentos que sirven de guía en la aplicación de las disposiciones del artículo 6 en lo que se refiere a las medidas de gestión y la evaluación de efectos en los lugares de a red Natura 2000.
Los instrumentos de gestión de los espacios de la Red Natura 2000 se deben aprobar con anterioridad o en el momento de la declaración de las ZEC, las comunidades autónomas han venido abordando la definición y aprobación de tales instrumentos en los últimos años y se prevé una actividad creciente en esta materia próximamente, al expirar los plazos de designación de las zonas de la red en la región Mediterránea en 2012.