De acuerdo con lo dispuesto en la Directiva Hábitats y la Ley 42/2007, de 13 de diciembre, del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, cuando de la evaluación adecuada de un determinado plan, programa o proyecto se concluya que habrá una afección significativa a los valores de la Red Natura 2000, pero, a pesar de ello, las autoridades competentes decidan autorizarlo, se deberán adoptar todas las medidas compensatorias necesarias que aseguren que la coherencia global de la Red queda garantizada.
Las medidas compensatorias deben ser consideradas, siempre, como un último recurso y se aplicarán después de realizar un estudio de todas las alternativas posibles del plan, programa o proyecto, para descartar que no haya ninguna alternativa ambiental y técnicamente viable, que no afecte a la Red Natura 2000. Igualmente se deben acreditar las razones imperiosas de interés público de primer orden que justifiquen la necesidad de llevar a cabo el plan, programa o proyecto. En España, la concurrencia de razones imperiosas de interés público de primer orden sólo podrá declararse para cada supuesto concreto mediante una ley o mediante acuerdo motivado y público del Consejo de Ministros (cuando se trate de planes, programas o proyectos que deban ser aprobados o autorizados por la Administración General del Estado) o del órgano de Gobierno de la Comunidad Autónoma correspondiente.
El diseño de las medidas compensatorias que sea necesario adoptar deberá tener como objetivo la compensación del daño ocasionado sobre los tipos de hábitat o las especies de interés comunitario que sean afectados y deberán estar operativas antes de que se produzca el daño sobre los mismos.