La metodología empleada para las actuaciones in situ se aplica en dos frentes de actuación básicos: repoblaciones de conejo y manejo de hábitat.
Para actuar en ambos, se diseña una zonificación en áreas de actuación que serían territorios potenciales de asentamiento de hembras reproductoras, que se iniciaría con el mantenimiento y reforzamiento de los territorios de cría actuales para desde ellos provocar la colonización de las zonas adyacentes, que se han denominado “teselas de cría” y que serían la unidad de actuación básica de este proyecto (nivel 3). Las teselas de cría cuentan con una superficie media de 500 has (oscilan entre las 350 y las 650 has, que es la superficie de los territorios con hembras reproductoras en el área de Andújar) en los que es necesario conseguir una densidad de 2 conejos/ha. en la época de máxima densidad o lo que es lo mismo, una disponibilidad alimenticia de unos 1000 conejos / territorio con hembra reproductora.
Para cada “tesela de cría” se diseña una red de cercones de repoblación (nivel 1) en los que se establecen las poblaciones de conejo en densidad y extensión suficientes para provocar la colonización natural por parte del lince ibérico.
Para facilitar la expansión y conexión entre los núcleos de población de conejos creados se contemplan actuaciones en el perímetro (vivares, refugios y siembras) y núcleos de apoyo en las zonas de conexión entre cercones (nivel 2).
Los conejos a reintroducir proceden de poblaciones silvestres. El manejo es directo en todo el proceso de captura, traslado y suelta por parte de los responsables de este cometido dentro del proyecto.
Por último, a partir se acompañan las actuaciones por un plan de seguimiento para monitorizar tanto las actuaciones de la obra como la evolución de las poblaciones de conejo, lince y resto de predadores.