El depósito de los tres contaminantes acidificantes más importantes, el dióxido de azufre (SO2), los óxidos de nitrógeno (NOx) y el amoníaco (NH3) puede causar grandes daños a los ecosistemas naturales sensibles a la acidificación.
Las emisiones de estos contaminantes a la atmósfera regresan a la superficie directamente en forma de depósito seco o húmedo (si viene arrastrado por lluvias, nieve, granizo, etc.); o indirectamente, después de haber sufrido una transformación química. La oxidación del SO2 y NOx en ácido sulfúrico o nítrico puede producirse tanto en la atmósfera como después de haberse depositado. El NH3 puede reaccionar con estos ácidos para formar partículas de sulfato amónico y de nitrato amónico.
Los gases acidificantes se dispersan y pueden permanecer en el aire durante varios días y ser transportados a largas distancias, provocando efectos en zonas muy alejadas de su fuente de emisión. El problema de la acidificación trasciende las fronteras, por lo que es preciso combinar iniciativas nacionales e internacionales para reducir las emisiones de estos gases.
En este sentido cabe citar el Protocolo de Gotemburgo, relativo a la reducción de la acidificación, de la eutrofización y del ozono en la troposfera, desarrollado en el marco del Convenio de Ginebra sobre la contaminación atmosférica transfronteriza a gran distancia.
La principal fuente de información sobre depósitos, concentraciones, transporte a gran distancia y flujos transfronterizos de contaminantes atmosféricos acidificantes es el Programa de cooperación para la vigilancia continua y la evaluación del transporte a gran distancia de contaminantes atmosféricos en Europa (EMEP), derivado del Convenio de Ginebra.
Asimismo, en relación con la emisión de NOx en el transporte, cabe citar las denominadas normas EURO, que fijan los valores límite de las emisiones contaminantes de los vehículos nuevos. Las normas de emisión se definen en una serie de directivas de la Unión Europea con implantación progresiva, que son cada vez más restrictivas. Actualmente está en pleno vigor la Euro IV, para el 2011 entrará la Euro V y para el 2015 la Euro VI.