El Refugio Nacional de Caza se creó en el año 1982 (RD 1115/82) al amparo de la Ley de Caza, con la finalidad de proteger varias especies de vertebrados en peligro de extinción o con poblaciones muy reducidas a nivel mundial. Posteriormente, en 1989 el archipiélago fue designado como Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA), de acuerdo con la Directiva 79/409/CEE para la protección de las aves silvestres, y a requerimiento del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación. En el 2002 ha sido propuesto a ser elegido Lugar de Interés Comunitario (LIC).
Su administración primeramente correspondió al Ministerio de Agricultura Pesca y Alimentación, a través del Instituto Nacional para la Conservación de la Naturaleza (ICONA), por disposición del Real Decreto 1115/1982 de 17 de abril, pero en la actualidad la ostenta el Organismo Autónomo Parques Nacionales del Ministerio de Medio Ambiente, con competencias en conservación y fomento de la investigación y divulgación de sus valores naturales.
Por las especies y hábitats que alberga, cumple los criterios para ser designado lugar de interés comunitario (R.D. 1997/1995) para garantizar su biodiversidad. La gestión, dirigida a la conservación de las especies y hábitats que caracterizan estas islas, se desarrolla a través de Programas de Conservación Específicos y Programas de Seguimiento. Los objetivos básicos son: conocer el estado de conservación y detectar cambios en la distribución y en el crecimiento de las poblaciones, así como en el desarrollo de los procesos ecológicos. En último extremo, se pretende fundamentar las decisiones de gestión en el conocimiento científico, por lo que se promueve la investigación en diferentes campos de trabajo.
La ejecución de los programas de trabajo se hace posible mediante un apoyo logístico mínimo. En la isla de Isabel II se dispone de una casa, cedida en uso mediante un convenio de colaboración entre la Autoridad Portuaria de Melilla y el OAPN, que funciona como residencia y laboratorio. El transporte se realiza, generalmente, en barco desde Melilla y en embarcación neumática entre las islas. El refugio cuenta con personal fijo, funcionario y laboral, dedicado de forma exclusiva a los trabajos de gestión y cuentan con el apoyo de instituciones y centros de investigación para el seguimiento de especies y ecosistemas. Estas tareas se realizan con la colaboración de personal de Parques Nacionales y, excepcionalmente, de otros organismos de la Administración. La investigación se desarrolla, por lo general, mediante convenios de colaboración con entidades científicas. Estas y otros profesionales asesoran las actuaciones de seguimiento.
Anualmente se efectúa la planificación de las actuaciones, muchas de las cuales obedecen a programas plurianuales.
Principales programas de trabajo:
-Seguimiento global de especies y ecosistemas terrestres: funciona con protocolos específicos por especies o materias. Abarca a las especies más relevantes y conspicuas, la vegetación y daños producidos por herbívoros, el descaste periódico de rata negra (Rattus rattus), los controles de la población de conejo (Oryctolagus cuniculus) y los registros sistemáticos de especies reproductoras y en paso.
-Seguimiento de fondos marinos y de la Foca monje: estudia las variaciones de parámetros físicos, así como la distribución y abundancia de grupos de organismos y especies de mayor interés. Se efectuó un experimento piloto de adecuación de cuevas para la Foca monje y se registra la presencia de los individuos que frecuentan el Refugio.