La designación de una ZEC (Zona de Especial Conservación) o una ZEPA (Zona de Especial Protección para Aves marinas) en el medio marino irá acompañada de las medidas de conservación que respondan a las exigencias ecológicas de los tipos de hábitat naturales y de las especies presentes en estas zonas. A su vez, las administraciones competentes tomarán las medidas adecuadas para evitar el deterioro de los hábitat naturales y de los hábitat de las especies, así como las alteraciones que repercutan en dichas especies.
Las medidas de conservación de las ZEC y ZEPA se concretarán en adecuados planes o instrumentos de gestión que incluirán, al menos, los objetivos de conservación del lugar y las medidas apropiadas para mantener los espacios en un estado de conservación favorable. Se establecerán, además, las apropiadas medidas reglamentarias, administrativas o contractuales que garanticen el estado de conservación favorable de los distintos tipos de hábitat naturales y de especies.
Por otro lado, deberán aportarse las medidas necesarias para evitar el deterioro o la contaminación de los hábitats fuera de la Red Natura 2000.
Las Administración General del Estado vigilará –según los términos establecidos en el artículo 6 y 36.1 de la Ley 42/2007– el estado de conservación de los tipos de hábitats naturales y las especies de interés comunitario marinos, teniendo especialmente en cuenta los tipos de hábitats naturales y las especies prioritarios, así como el estado de conservación de las especies de aves que se enumeran en el anexo IV de la Ley 42/2007.
Destacar que la Comisión Europea realiza un seguimiento periódico del estado de la Red Natura 2000. Se encarga, además, de estudiar la necesidad de declaración de nuevos espacios o la ampliación de los ya existentes, con el objetivo final de garantizar la adecuada protección de los hábitats naturales marinos y las especies marinas de interés comunitario.