Los carrizales (Phragmites australis), de una gran adaptabilidad y poder colonizador, se extienden en las áreas menos profundas y en casi toda la periferia del Parque. Entre ellos podemos avistar corros de eneas (Typha domingensis), que se instalan en las depresiones.
Hasta hace pocos años, los juncales sobre suelos con encharcamiento temporal eran frecuentes en las lagunas manchegas; hoy en día están seriamente amenazados por la ampliación de los cultivos, aunque siguen siendo abundantes en el Parque Nacional. Los limonios son en su mayoría especies propias de saladares y estepas salinas, que caracterizan un tipo de hábitat de interés prioritario en la Unión Europea y que por tanto, debe ser conservado.
En el Parque Nacional están representados algunos taxones endémicos de la provincia de Ciudad Real actualmente muy amenazados por la expansión de los cultivos en el exterior del espacio protegido, como Limonium carpetanicum.
Una de las formaciones más característica del Parque Nacional son las praderas de carófitos, constituidas por diferentes especies del género Chara (Ch. hispida, Ch. major, Ch. canescens) conocidas como ovas, que pueden forma un tapiz casi continuo en los fondos inundados.
La única vegetación arbórea está formada por los tarayes (Tamarix canariensis y T. gallica), que forman pequeños bosques sobre suelos húmedos, pudiendo soportar algún periodo de inundación y cierto grado de salinidad en el suelo. En las Tablas viven numerosas aves ligadas al medio acuático, entre las que destacan el ánade azulón (Anas platyrhynchos), el pato colorado (Netta rufina), símbolo del Parque, donde nidifica en un significativo número, lo que confiere a esta zona relevancia internacional, el silbón europeo (Anas penelope), la cerceta común (Anas crecca), el cuchara común (Anas clypeata), el ánade friso (Anas strepera); ardeidas como la garza imperial (Ardea purpurea), la garza real (Ardea cinerea), el avetorillo (Isobrychus minutus) y el avetoro (Botaurus stellaris), nidificante ocasional en el Parque. Otras aves ligadas al medio acuático son el zampullín cuellinegro (Podiceps nigricollis), que tiene en la zona manchega el área de cría más importante del oeste de Europa, el zampullín común (Tachybaptus ruficollis), el somormujo lavanco (Podiceps cristatus), el rascón (Rallus aquaticus) y el fumarel cariblanco (Chlidonias hybridus). También se pueden observar en el Parque aves de zonas esteparias, como las avefrías (Vanellus vanellus), canasteras (Glareola pratincola), alcaravanes (Burhinus oedicnemus) y sisones (Tetrax tetrax).
Entre los mamíferos, mencionamos al jabalí (Sus scrofa), el zorro (Vulpes vulpes), el turón (Putorius putorius), la nutria (Lutra lutra), la comadreja (Mustela nivalis), el conejo (Oryctolagus cuniculus) y el lirón careto (Eliomys quercinus).
Los anfibios y reptiles son muy abundantes: la ranita de San Antón (Hyla arborea), el gallipato (Pleurodeles waltl), el sapillo moteado (Pelodytes punctatus), el sapo de espuelas (Pelobates cultripes), el sapo corredor (Bufo calamita), el galápago europeo (Emys orbicularis), el galápago leproso (Mauremys caspica), las culebras de agua (Natrix spp.) y la culebra bastarda (Malpolon monspessulanus).
Entre los peces destaca por su biomasa la carpa (Ciprinus carpio) y, por tratarse de especies endémicas con cierto grado de amenaza, el cachuelo (Leuciscus pyrenaicus), el calandino (Topridophoxinellus alburnoides), el barbo comiza (Barbus comiza) y la colmilleja (Cobitis paludica).
Manejo de la vegetación acuática. Con el objeto de mantener la estructura y distribución de la cubierta vegetal de las Tablas de Daimiel en su estado original, alterada a raíz de las modificaciones sufridas en su red hidrológica durante los últimos años, se ha acometido una serie de actuaciones para controlar la dinámica de la vegetación, marcada por una excesiva proliferación de ciertas especies vegetales que, debido a su carácter invasor y resistencia a la desecación estacional, constituyen un factor de desplazamiento para otras más vulnerables.
Esta relación se establece entre especies como carrizo, taray y enea, sobre otras en regresión como la masiega. Este proceso se ha ido materializando de forma progresiva a partir de áreas marginales, donde el agua desaparecía temporalmente, hasta llegar a la situación más reciente en que la falta de agua puede afectar a grandes extensiones del Parque y, por tanto, las especies invasoras llegan a colonizar los espacios interiores, denominados "tablas", donde las únicas plantas existentes eran subacuáticas.
El resultado final de este proceso es la desaparición de dichas "tablas", áreas muy importantes para la estancia y permanencia de las aves acuáticas, así como para el desarrollo las praderas de ovas (plantas subacuáticas del género Chara) que constituyen un elemento clave en la cadena trófica del ecosistema.
Además, se pueden llegar a obstruir los cauces principales, así como el cerramiento de las "trochas" y pasos naturales que permiten el flujo interlagunar e impiden el aislamiento de ciertas masas de agua. Por tanto, las actividades más importantes son la apertura y mantenimiento de las tablas tradicionales de la vegetación invasora, la eliminación de residuos vegetales y quemas controladas de masiega para favorecer su regeneración, que sólo se realizan circustancialmente y en condiciones muy especiales.